Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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python:anaconda [2020/04/17 10:45] Vincent Alamercery |
python:anaconda [2020/09/29 10:03] Francesco Beretta |
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Retour à l'accueil [[python:accueil|Python pour les historiens]] | Retour à l'accueil [[python:accueil|Python pour les historiens]] | ||
- | ====== Tutoriels / installation ====== | + | ======= Installer et configurer son environnement virtuel Python ======= |
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+ | Les environnements virtuels fournissent un moyen puissant pour isoler les dépendances de paquets d’un projet. Cela signifie que vous pouvez utiliser des paquets particuliers à un projet Python sans les installer sur l’ensemble du système et ainsi en évitant ainsi la les conflits de version potentiels. | ||
+ | Cf. [[https://docs.python.org/fr/3/tutorial/venv.html|Environnements virtuels et paquets]] | ||
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+ | ====== Documentation et tutoriels ====== | ||
===== Anaconda/Miniconda ===== | ===== Anaconda/Miniconda ===== | ||
* [[https://www.anaconda.com/what-is-anaconda/|Ce qu'est Anaconda]] – [[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/index.html|ce qu'est **Conda**]] | * [[https://www.anaconda.com/what-is-anaconda/|Ce qu'est Anaconda]] – [[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/index.html|ce qu'est **Conda**]] | ||
- | * Installer [[https://www.anaconda.com/download/|Anaconda]] ou [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|Miniconda]]. Dans le cadre de ce tutoriel, la version de python pouvant être utilisée est la **3.7**. | + | * Installer [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|Miniconda]]. Dans le cadre de ce tutoriel, la version de python pouvant être utilisée est la **3.7**. |
- | * Quelle différence entre Anaconda et Miniconda ? Anaconda apporte, en plus du gestionnaire d'environnements Python conda, une interface graphique complète et différents logiciels. L'environnement risque d'être un peu lourd – pour des petits projets **Miniconda** est préférable. Il n'est pas recommandé, dans le cadre de cet atelier, de créer un environnement avec le logiciel Anaconda, car cela pose problème par la suite. | + | * Quelle différence entre Anaconda et Miniconda ? [[https://www.anaconda.com/download/|Anaconda]] apporte, en plus du gestionnaire d'environnements Python //conda//, une interface graphique complète et différents logiciels. L'environnement risque d'être un peu lourd – pour des petits projets **Miniconda** est préférable. Il n'est pas recommandé, dans le cadre de cet atelier, de créer un environnement avec le logiciel Anaconda, car cela pose problème par la suite. |
* [[https://zestedesavoir.com/tutoriels/1448/installer-un-environnement-de-developpement-python-avec-conda|Tutoriel en français]] concernant l'utilisation de //conda//. | * [[https://zestedesavoir.com/tutoriels/1448/installer-un-environnement-de-developpement-python-avec-conda|Tutoriel en français]] concernant l'utilisation de //conda//. | ||
* [[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html|Tutoriel en anglais]] de conda | * [[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html|Tutoriel en anglais]] de conda | ||
+ | * **[[python:environnement_conda|Créer et gérer un environnement Conda]]** | ||
===== JupyterLab git extension ===== | ===== JupyterLab git extension ===== | ||
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**/!\ Avant de faire le tutoriel, réfléchissez si vous devez créer un nouveau environnement virtuel, si vous avez déjà d'autres projets en cours.** Il est donc préférable de créer un environnement en ligne de commande. Voir ci-dessous pour l'installation de l'environnement. | **/!\ Avant de faire le tutoriel, réfléchissez si vous devez créer un nouveau environnement virtuel, si vous avez déjà d'autres projets en cours.** Il est donc préférable de créer un environnement en ligne de commande. Voir ci-dessous pour l'installation de l'environnement. | ||
- | \\ Une fois que vous avez activé votre environnement dans Anaconda, pensez à installer **JupyterLab**. Jupyter Notebook sera automatiquement installé avec. | + | \\ Une fois que vous avez activé votre environnement dans Miniconda, pensez à installer **JupyterLab**. Jupyter Notebook sera automatiquement installé avec. |
\\ Une fois JupyterLab installé, lancez le, il s'affichera sur votre navigateur. | \\ Une fois JupyterLab installé, lancez le, il s'affichera sur votre navigateur. | ||
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* Exécuter tout d'abord une mise à jour de Conda: <code>conda update conda</code> | * Exécuter tout d'abord une mise à jour de Conda: <code>conda update conda</code> | ||
* Lorsque l'exécutable imprime la liste des paquets à mettre à jour et demande: installer y/n ? répondre y = yes | * Lorsque l'exécutable imprime la liste des paquets à mettre à jour et demande: installer y/n ? répondre y = yes | ||
+ | * Lister les environnemnents disponibles <code>conda env list</code> | ||
* Créer ensuite un environnement contenant Jupyter Lab: conda create --name <envname> python=<version>. | * Créer ensuite un environnement contenant Jupyter Lab: conda create --name <envname> python=<version>. | ||
* <code> [suggestion:] conda create --name py37_gitlab python=3.7 jupyterlab=1.2.7 jupyterlab-git </code> | * <code> [suggestion:] conda create --name py37_gitlab python=3.7 jupyterlab=1.2.7 jupyterlab-git </code> | ||
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* Démarrer Juypter Lab : <code>jupyter lab</code> | * Démarrer Juypter Lab : <code>jupyter lab</code> | ||
* Si on veut ajouter des nouveau paquets à l'environnement, arrêter Jupyter Lab (alt-C pour Windows ou ctrl-C pour Mac), puis ajouter les paquets à l'environnement actif, dans ce cas //py37_gitlab// puis relancer le Lab. | * Si on veut ajouter des nouveau paquets à l'environnement, arrêter Jupyter Lab (alt-C pour Windows ou ctrl-C pour Mac), puis ajouter les paquets à l'environnement actif, dans ce cas //py37_gitlab// puis relancer le Lab. | ||
+ | * Pour utiliser différents environnements, dédiés à différents projets ou technologies (NLP, etc.) voir les [[python:environnement_conda&#creer_un_nouvel_environnement_atelier_et_l_ajouter_aux_kernels_de_jupyter_lab|instructions sur cette page]] | ||
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==== Problèmes / Bugs ==== | ==== Problèmes / Bugs ==== | ||
- | === Problème au lancement de Anaconda === | + | Voir les [[python:bugs_connus_conda|Problèmes / Bugs]] connus concernant l'installation de Miniconda ou de ses plugins |
- | + | ||
- | * Sous Windows, si le kernel ne démarre pas, avec l'erreur "manque win32api", insaller: <code>conda install pywin32</code> | + | |
- | + | ||
- | * Sous Windows 7 problème au lancement de Anaconda. Solution qui marche ([[https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/1467|Source]]) : | + | |
- | + | ||
- | PROBLEM: Anaconda Navigator won't start (nor will Spyder, IPython, ...). Error is reported: | + | |
- | This application failed to start because it could not find or load the Qt platform plugin "windows" in "" | + | |
- | + | ||
- | SOLUTION: | + | |
- | Copier le dossier | + | |
- | Continuum\Anaconda3\Library\plugins\platforms | + | |
- | vers le dossier | + | |
- | Continuum\Anaconda3 | + | |
- | + | ||
- | * Sous Windows 10 problème lorsque on teste <code>conda list</code> renvoit l'erreur : <code>conda: command not found error</code>. | + | |
- | SOLUTION: | + | |
- | * voir cette documentation : [[https://support.anaconda.com/hc/en-us/articles/360023863234-Conda-command-not-found-error|Conda: "command not found" error]], complété par **[[https://stackoverflow.com/questions/44597662/conda-command-is-not-recognized-on-windows-10?answertab=active#tab-top|ces explications très utiles]]**. | + | |
- | * voir éventuellement cette [[https://stackoverflow.com/questions/18675907/how-to-run-conda?answertab=active#tab-top|documentation supplémentaire]] | + | |
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- | ===== Linux Ubuntu 18.04 - Mint 19 ===== | + | |
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- | [Étapes suivies dans Linux Mint 19.3 Tricia - Pierre 2020-04-02] | + | |
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- | Création de l'environnement en indiquant seulement la version python | + | |
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- | <code>conda create --name py37_gitlab python=3.7</code> | + | |
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- | activation de l'environnement | + | |
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- | <code>conda activate py37_gitlab</code> | + | |
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- | installation de jupyterlab 1.2.7 | + | |
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- | <code>conda install jupyterlab=1.2.7</code> | + | |
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- | installation de nodejs (qui n'est pas installé avec jupyterlab 1.2.7 d'où problème ensuite pour gérer les extensions) : | + | |
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- | <code>conda install -c conda-forge nodejs</code> | + | |
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- | installation de jupyterlab-git : | + | |
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- | <code>conda install -c conda-forge jupyterlab-git</code> | + | |
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- | lancer jupyterlab : | + | |
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- | <code>jupyter lab</code> | + | |
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- | * Ensuite, suivre les indications qui suivent pour les extensions jupyterlab-git (accepter la proposition d'installation du "Server companion" jupyterlab_git (avec un underscore), puis jupyterlab-github. :!: Après avoir cliqué sur l'icône "puzzle" (pour les extensions), il faut attendre un peu avant que la liste des extensions s'affiche. | + | |
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- | :!: Mais il reste un problème : <code> "nbdime-jupyterlab@2.0.0" is not compatible with the current JupyterLab </code>. | + | |
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- | J'ai donc essayé de remplacer la version de nbdime.2.0.0 par la nbdime.1.1.0. D'abord on désactive nbdime : | + | |
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- | <code> jupyter nbextension disable --py nbdime</code> | + | |
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- | Puis désinstallation : | + | |
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- | <code>jupyter labextension uninstall nbdime-jupyterlab</code> | + | |
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- | Installation de la version 1.1.0 | + | |
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- | <code>jupyter labextension enable nbdime@1.1.0</code> | + | |
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- | <code>jupyter lab build</code> | + | |
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- | <code>jupyter labextension install nbdime-jupyterlab</code> | + | |
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- | Après avoir fermé puis relancé Jupyterlab le problème semble avoir disparu. En tout cas, il est possible d'accéder au carnet jupyter **import_csv.ipynb** évoqué plus loin. | + | |
====== Configuration des plugins JupyterLab ====== | ====== Configuration des plugins JupyterLab ====== |