Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- python:anaconda [2020/09/29 11:11]
Francesco Beretta
+++ python:anaconda [2020/10/03 17:34]
Francesco Beretta [Plugin jupyterlab-github]
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 Retour à l'accueil [[python:accueil|Python pour les historiens]]
-======= Installer et configurer son environnement virtuel Python =======
+======= Installer et configurer son environnement de travail Python =======
+===== Gestion de l'environnement de travail =====
+[...]
+===== Gestion des environnements virtuels =====
 Les environnements virtuels fournissent un moyen puissant pour isoler les paquets utilisés dans un projet utilisant Python et leurs dépendances. Cela signifie que vous pouvez utiliser des paquets particuliers à un projet sans les installer sur l’ensemble du système, en évitant ainsi les conflits de version potentiels et en assurant la cohérence de l'environnement.
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-====== Miniconda / Anaconda/Miniconda ======
+====== Miniconda / Anaconda ======
   * [[https://www.anaconda.com/what-is-anaconda/|Ce qu'est Anaconda]] – [[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/index.html|ce qu'est Conda]]
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   * [[https://zestedesavoir.com/tutoriels/1448/installer-un-environnement-de-developpement-python-avec-conda|Tutoriel en français]] concernant l'utilisation de //conda//.
   * [[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html|Tutoriel en anglais]] de conda
-  * **[[python:environnement_conda|Créer et gérer un environnement Conda]]**
-====== Installation de Miniconda avec JupyterLab et ses plugins ======
+===== Installation de Miniconda =====
 **Miniconda est à préférer car c'est environnement beaucoup plus léger** (mais à utiliser en ligne de commande).
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   * Relever l'emplacement d'installation
     * En général sous Windows C:\Users\[nom utilisateur]\Miniconda3
-  * Cocher : Conda comme installation Python par défaut
+  * Cocher : **Conda comme installation Python par défaut**
-  * Cocher "Ajouter au PATH" !
+  * **Ne pas cocher**:  "Ajouter au PATH" !
-  * Si Conda n'est pas ajouté au PATH, utiliser le programme //Anaconda prompt// après installation. Si Conda n'est toujours pas visible, voir ci-dessous les Problèmes/bugs
+    * [Octobre 2020] L'installateur de Miniconda dans Windows 10 déconseille de l'ajouter au PATH, à cause de problèmes qui pourraient survenir Dans le menu de démarrage Windows (Windows Start menu) sélectionner "Anaconda 64bit". L'ajout au PATH peut provoquer des problèmes.
+    * Conda n'est pas ajouté au PATH, utiliser le programme //Anaconda prompt// après installation. Si Conda n'est toujours pas visible, voir ci-dessous les Problèmes/bugs
 [[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html|Tutoriel]] d'introduction a l'utilisation de //conda//
+===== Vérification de l'installation =====
 Sous Windows, lancer le programme //Anaconda prompt//, sous Mac ouvrir le //Terminal//:
-  * Vérifier l'installation de Conda en exécutant la commande ci-dessous qui donne la liste des paquets installés dans l'environnement de base: <code>conda list</code>
+  * Vérifier l'installation de Conda en exécutant la commande ci-dessous qui donne la version de conda:  <code>conda info</code>
+  * la liste des paquets installés dans l'environnement de base: <code>conda list</code>
   * En cas d'erreur, si par exemple CMD (Windows) / Terminal (MacOS) renvoit le message d'erreur suivant <code>conda: command not found error</code> voir Problèmes / Bugs ci-dessous.
   * Exécuter tout d'abord une mise à jour de Conda:  <code>conda update conda</code>
     * Lorsque l'exécutable imprime la liste des paquets à mettre à jour et  demande: installer y/n ? répondre y = yes
+===== Gérer un environnement avec Conda =====
+\\
+Pages dédiées dans ce Wiki:
+  * [[intro_histoire_numerique:conda_histoire_numerique|Environnement pour le cours histoire numérique]]
+  * [[python:environnement_conda|Créer et gérer un environnement Conda]] (dans ce tutoriel Python)
+\\
+\\
+====== Installation de JupyterLab et ses plugins ======
   * Lister les environnemnents disponibles <code>conda env list</code>
+  * Ajouter le canal 'conda-forge' : <code>conda config --add channels conda-forge</code>
+  * Vérifier l'ajout du canal <code>conda info</code>: apparait la liste des canaux
   * Créer ensuite un environnement contenant Jupyter Lab: conda create --name <envname> python=<version>.
-  * <code> [suggestion:] conda create --name py37_gitlab python=3.7 jupyterlab=1.2.7 jupyterlab-git </code>
+  * Pour **MacOS** exécuter:  <code>conda create --name py37_jupyterlab python=3.7 jupyterlab=1.2.7 requests</code>
-  * Pour Windows taper: <code>conda create --name py37_gitlab python=3.7 jupyterlab pywin32 jupyterlab-git jupyterlab-github requests</code>
+  * Pour **Windows** exécuter: <code>conda create --name py37_jupyterlab python=3.7 jupyterlab pywin32 requests</code>
+  * En cas d'erreur, tenter: <code>conda create --name [nom de dossier] python=3.8 jupyterlab pywin32 jupyterlab-git requests -c conda-forge</code>
   * Lorsque l'exécutable demande : installer y/n répondre y = yes
-  * Activer le nouvel environnement : <code>conda activate py37_gitlab</code>
+  * Activer le nouvel environnement : <code>conda activate py37_jupyterlab</code>
+  * Pour désactiver l'environnement et revenir à l'environnement 'base: <code>conda deactivate</code>
   * Démarrer Juypter Lab : <code>jupyter lab</code>
-  * Si on veut ajouter des nouveau paquets à l'environnement, arrêter Jupyter Lab (alt-C pour Windows ou ctrl-C pour Mac), puis ajouter les paquets à l'environnement actif, dans ce cas //py37_gitlab// puis relancer le Lab.
+  * Pour **arrêter Jupyter Lab**: tabler dans le Terminal ou Prompt où il est actif **alt-C** pour Windows ou **ctrl-C** pour Mac.
+  * Si on veut ajouter des nouveau paquets à l'environnement, **arrêter Jupyter Lab** , puis ajouter les paquets à l'environnement actif, dans ce cas //py37_gitlab// puis relancer le Lab.
   * Pour utiliser différents environnements, dédiés à différents projets ou technologies (NLP, etc.) voir les [[python:environnement_conda&#creer_un_nouvel_environnement_atelier_et_l_ajouter_aux_kernels_de_jupyter_lab|instructions sur cette page]]
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-\\
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-==== Problèmes / Bugs ====
-Voir les [[python:bugs_connus_conda|Problèmes / Bugs]] connus concernant l'installation de Miniconda ou de ses plugins
-====== Configuration des plugins JupyterLab ======
-===== JupyterLab git extension =====
+===== Plugin jupyterlab-github =====
-Documentation concernant //JupyterLab git extension//:
-  * [[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-git|jupyterlab / jupyterlab-git]]
-  * Tutoriel [[https://annefou.github.io/jupyter_publish/02-git/index.html|JupyterLab git extension]]
-  * Un tutoriel très intéressant sur Jupyter Lab dont la partie 3 concerne GitHub: [[http://jakevdp.github.io/blog/2017/03/03/reproducible-data-analysis-in-jupyter/|Reproducible Data Analysis in Jupyter]]
-**/!\ Avant de faire le tutoriel, réfléchissez si vous devez créer un nouveau environnement virtuel, si vous avez déjà d'autres projets en cours.** Il est donc préférable de créer un environnement en ligne de commande. Voir ci-dessous pour l'installation de l'environnement.
+  * Documentation [[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-github|JupyterLab GitHub]].
-\\ Une fois que vous avez activé votre environnement dans Miniconda, pensez à installer **JupyterLab**. Jupyter Notebook sera automatiquement installé avec.
+  * **Arrêter Jupyter Lab** (dans le Terminal ou Prompt où il est actif taper **alt-C** pour Windows ou **ctrl-C** pour Mac).
-\\ Une fois JupyterLab installé, lancez le, il s'affichera sur votre navigateur.
+  * Vérifier qu'on est bien dans l'environnement 'py37_jupyterlab'
+  * Exécuter: <code>conda install -c conda-forge nodejs</code>
+  * Exécuter: <code> jupyter labextension install @jupyterlab/github</code>
+  * Démarrer Juypter Lab : <code>jupyter lab</code>
-Les paquets pour conda:
+Sur l'interface JupyterLab, à gauche vous avez une barre de menu.
-  * [[https://anaconda.org/conda-forge/jupyterlab-git|jupyterlab-git]] ([[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-git|documentation sur GitHub]])
+\\
-  * [[https://anaconda.org/krinsman/jupyterlab-github|jupyterlab-github]] ([[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-github|Documentation sur Github]])
+Cliquez sur l'icône Puzzle "**Extension Manager**" (gestionnaire des plugins). Un message de sécurité indique que les Plugins (extensions) de JupyterLab sont produits par la commuanté et que donc il peut y avoir des risques de sécurité. C'est bon à savoir mais il faut tout de même répondre: OUI.
-===== Plugin jupyterlab-github =====
-Sur l'interface JupyterLab, à gauche vous avez une barre de menu. Cliquez sur l'icône Puzzle "**Extension Manager**" (gestionnaire des plugins).
 Dans la barre de recherche, cherchez "**github**". Le plugin qui nous intéresse est celui-ci :
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 Dans le cadre de l'atelier Données FAIR (FAIR Data), nous pouvons par exemple utiliser **atterebf** comme nom d'utilisateur. Une liste de dépôt github s'affiche, sélectionnez **atelier_arhn**, puis **import_csv_xls**, et enfin le carnet jupyter **import_csv.ipynb** (qui est en lecture seule).
+\\
+--------------
+====== Utilisateurs avancés ======
 ===== Plugin jupyterlab-git =====
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 Plus haut vous pouvez aussi constater "Current Repository", "Current Branch" qui vous permettra de gérer les branches.
+--------
+\\
+===== JupyterLab git extension =====
+ jupyterlab-git
+jupyterlab-git jupyterlab-github
+Documentation concernant //JupyterLab git extension//:
+  * [[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-git|jupyterlab / jupyterlab-git]]
+  * Tutoriel [[https://annefou.github.io/jupyter_publish/02-git/index.html|JupyterLab git extension]]
+  * Un tutoriel très intéressant sur Jupyter Lab dont la partie 3 concerne GitHub: [[http://jakevdp.github.io/blog/2017/03/03/reproducible-data-analysis-in-jupyter/|Reproducible Data Analysis in Jupyter]]
+**/!\ Avant de faire le tutoriel, réfléchissez si vous devez créer un nouveau environnement virtuel, si vous avez déjà d'autres projets en cours.** Il est donc préférable de créer un environnement en ligne de commande. Voir ci-dessous pour l'installation de l'environnement.
+\\ Une fois que vous avez activé votre environnement dans Miniconda, pensez à installer **JupyterLab**. Jupyter Notebook sera automatiquement installé avec.
+\\ Une fois JupyterLab installé, lancez le, il s'affichera sur votre navigateur.
+Les paquets pour conda:
+  * [[https://anaconda.org/conda-forge/jupyterlab-git|jupyterlab-git]] ([[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-git|documentation sur GitHub]])
+  * [[https://anaconda.org/krinsman/jupyterlab-github|jupyterlab-github]] ([[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-github|Documentation sur Github]])
+\\
+====== Problèmes / Bugs ======
+Voir les [[python:bugs_connus_conda|Problèmes / Bugs]] connus concernant l'installation de Miniconda, JupyterLab et ses plugins

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