Outils pour utilisateurs
python:anaconda
Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente Prochaine révision Les deux révisions suivantes | ||
|
python:anaconda [2020/10/03 16:49] Francesco Beretta [Installation de JupyterLab et ses plugins] |
python:anaconda [2020/10/05 01:33] Francesco Beretta |
||
|---|---|---|---|
| Ligne 35: | Ligne 35: | ||
| * Télécharger [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|Miniconda]] et installer en suivant les instructions de l'installateur. Sous Windows et Linux choisir la version adaptée au système : 32 ou 64 bits. | * Télécharger [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|Miniconda]] et installer en suivant les instructions de l'installateur. Sous Windows et Linux choisir la version adaptée au système : 32 ou 64 bits. | ||
| - | ===== Windows et macOS ===== | + | ===== Windows et MacOS ===== |
| * Relever l'emplacement d'installation | * Relever l'emplacement d'installation | ||
| Ligne 79: | Ligne 79: | ||
| - | ====== Installation de JupyterLab et ses plugins ====== | + | ====== Installation de JupyterLab ====== |
| - | + | ||
| Ligne 94: | Ligne 92: | ||
| * En cas d'erreur, tenter: <code>conda create --name [nom de dossier] python=3.8 jupyterlab pywin32 jupyterlab-git requests -c conda-forge</code> | * En cas d'erreur, tenter: <code>conda create --name [nom de dossier] python=3.8 jupyterlab pywin32 jupyterlab-git requests -c conda-forge</code> | ||
| - | + | * Lorsque l'exécutable demande : installer y/n répondre y = yes | |
| - | jupyterlab-git | + | |
| - | + | ||
| - | jupyterlab-git jupyterlab-github | + | |
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | * Lorsque l'exécutable demande : installer y/n répondre y = yes | ||
| * Activer le nouvel environnement : <code>conda activate py37_jupyterlab</code> | * Activer le nouvel environnement : <code>conda activate py37_jupyterlab</code> | ||
| * Pour désactiver l'environnement et revenir à l'environnement 'base: <code>conda deactivate</code> | * Pour désactiver l'environnement et revenir à l'environnement 'base: <code>conda deactivate</code> | ||
| * Démarrer Juypter Lab : <code>jupyter lab</code> | * Démarrer Juypter Lab : <code>jupyter lab</code> | ||
| - | * Arrêter Jupyter Lab: tabler dans le Terminal ou Prompt où il est actif **alt-C** pour Windows ou **ctrl-C** pour Mac. | + | * Pour **arrêter Jupyter Lab**: tabler dans le Terminal ou Prompt où il est actif **alt-C** pour Windows ou **ctrl-C** pour Mac. |
| * Si on veut ajouter des nouveau paquets à l'environnement, **arrêter Jupyter Lab** , puis ajouter les paquets à l'environnement actif, dans ce cas //py37_gitlab// puis relancer le Lab. | * Si on veut ajouter des nouveau paquets à l'environnement, **arrêter Jupyter Lab** , puis ajouter les paquets à l'environnement actif, dans ce cas //py37_gitlab// puis relancer le Lab. | ||
| * Pour utiliser différents environnements, dédiés à différents projets ou technologies (NLP, etc.) voir les [[python:environnement_conda&#creer_un_nouvel_environnement_atelier_et_l_ajouter_aux_kernels_de_jupyter_lab|instructions sur cette page]] | * Pour utiliser différents environnements, dédiés à différents projets ou technologies (NLP, etc.) voir les [[python:environnement_conda&#creer_un_nouvel_environnement_atelier_et_l_ajouter_aux_kernels_de_jupyter_lab|instructions sur cette page]] | ||
| + | |||
| \\ | \\ | ||
| + | -------------- | ||
| + | ====== Utilisateurs avancés – Plugins de JupyterLab ====== | ||
| - | ===== JupyterLab git extension ===== | ||
| - | Documentation concernant //JupyterLab git extension//: | ||
| - | * [[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-git|jupyterlab / jupyterlab-git]] | ||
| - | * Tutoriel [[https://annefou.github.io/jupyter_publish/02-git/index.html|JupyterLab git extension]] | ||
| - | * Un tutoriel très intéressant sur Jupyter Lab dont la partie 3 concerne GitHub: [[http://jakevdp.github.io/blog/2017/03/03/reproducible-data-analysis-in-jupyter/|Reproducible Data Analysis in Jupyter]] | ||
| - | **/!\ Avant de faire le tutoriel, réfléchissez si vous devez créer un nouveau environnement virtuel, si vous avez déjà d'autres projets en cours.** Il est donc préférable de créer un environnement en ligne de commande. Voir ci-dessous pour l'installation de l'environnement. | ||
| - | \\ Une fois que vous avez activé votre environnement dans Miniconda, pensez à installer **JupyterLab**. Jupyter Notebook sera automatiquement installé avec. | ||
| - | \\ Une fois JupyterLab installé, lancez le, il s'affichera sur votre navigateur. | ||
| + | ===== Plugin jupyterlab-github ===== | ||
| - | Les paquets pour conda: | ||
| - | * [[https://anaconda.org/conda-forge/jupyterlab-git|jupyterlab-git]] ([[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-git|documentation sur GitHub]]) | ||
| - | * [[https://anaconda.org/krinsman/jupyterlab-github|jupyterlab-github]] ([[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-github|Documentation sur Github]]) | ||
| + | * Documentation [[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-github|JupyterLab GitHub]]. | ||
| + | * **Arrêter Jupyter Lab** (dans le Terminal ou Prompt où il est actif taper **alt-C** pour Windows ou **ctrl-C** pour Mac). | ||
| + | * Vérifier qu'on est bien dans l'environnement 'py37_jupyterlab' | ||
| + | * Exécuter: <code>conda install -c conda-forge nodejs</code> | ||
| + | * Exécuter: <code> jupyter labextension install @jupyterlab/github</code> | ||
| + | * Démarrer Juypter Lab : <code>jupyter lab</code> | ||
| - | ===== Plugin jupyterlab-github ===== | + | Sur l'interface JupyterLab, à gauche vous avez une barre de menu. |
| + | \\ | ||
| + | Cliquez sur l'icône Puzzle "**Extension Manager**" (gestionnaire des plugins). Un message de sécurité indique que les Plugins (extensions) de JupyterLab sont produits par la commuanté et que donc il peut y avoir des risques de sécurité. C'est bon à savoir mais il faut tout de même répondre: OUI. | ||
| - | Sur l'interface JupyterLab, à gauche vous avez une barre de menu. Cliquez sur l'icône Puzzle "**Extension Manager**" (gestionnaire des plugins). | ||
| Dans la barre de recherche, cherchez "**github**". Le plugin qui nous intéresse est celui-ci : | Dans la barre de recherche, cherchez "**github**". Le plugin qui nous intéresse est celui-ci : | ||
| Ligne 145: | Ligne 137: | ||
| Dans le cadre de l'atelier Données FAIR (FAIR Data), nous pouvons par exemple utiliser **atterebf** comme nom d'utilisateur. Une liste de dépôt github s'affiche, sélectionnez **atelier_arhn**, puis **import_csv_xls**, et enfin le carnet jupyter **import_csv.ipynb** (qui est en lecture seule). | Dans le cadre de l'atelier Données FAIR (FAIR Data), nous pouvons par exemple utiliser **atterebf** comme nom d'utilisateur. Une liste de dépôt github s'affiche, sélectionnez **atelier_arhn**, puis **import_csv_xls**, et enfin le carnet jupyter **import_csv.ipynb** (qui est en lecture seule). | ||
| + | |||
| + | \\ | ||
| ===== Plugin jupyterlab-git ===== | ===== Plugin jupyterlab-git ===== | ||
| Ligne 165: | Ligne 159: | ||
| -------- | -------- | ||
| + | |||
| + | \\ | ||
| + | |||
| + | ===== JupyterLab git extension ===== | ||
| + | |||
| + | |||
| + | jupyterlab-git | ||
| + | |||
| + | jupyterlab-git jupyterlab-github | ||
| + | |||
| + | |||
| + | Documentation concernant //JupyterLab git extension//: | ||
| + | * [[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-git|jupyterlab / jupyterlab-git]] | ||
| + | * Tutoriel [[https://annefou.github.io/jupyter_publish/02-git/index.html|JupyterLab git extension]] | ||
| + | * Un tutoriel très intéressant sur Jupyter Lab dont la partie 3 concerne GitHub: [[http://jakevdp.github.io/blog/2017/03/03/reproducible-data-analysis-in-jupyter/|Reproducible Data Analysis in Jupyter]] | ||
| + | |||
| + | **/!\ Avant de faire le tutoriel, réfléchissez si vous devez créer un nouveau environnement virtuel, si vous avez déjà d'autres projets en cours.** Il est donc préférable de créer un environnement en ligne de commande. Voir ci-dessous pour l'installation de l'environnement. | ||
| + | \\ Une fois que vous avez activé votre environnement dans Miniconda, pensez à installer **JupyterLab**. Jupyter Notebook sera automatiquement installé avec. | ||
| + | \\ Une fois JupyterLab installé, lancez le, il s'affichera sur votre navigateur. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | Les paquets pour conda: | ||
| + | * [[https://anaconda.org/conda-forge/jupyterlab-git|jupyterlab-git]] ([[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-git|documentation sur GitHub]]) | ||
| + | * [[https://anaconda.org/krinsman/jupyterlab-github|jupyterlab-github]] ([[https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-github|Documentation sur Github]]) | ||
| + | |||
| + | |||
| \\ | \\ | ||
python/anaconda.txt · Dernière modification: 2024/02/23 01:38 par Francesco Beretta
